После закрытия церкви верующими людьми был куплен небольшой домик, где проходили Богослужения. Так продолжалось вплоть до 1993 года, когда из-за отсутствия русскоязычного населения нетиповой храм был закрыт.
С 1991 года и до 2007 года в городе Шалкаре начинается убыль населения. В 2007 года население медленными темпами вновь стало возрастать. Но до сих пор численность населения не достигает показателей 1989 года.
Доминирующей религиозной группой в Шалкаре и Шалкарком районе являются мусульмане-сунниты (99%). 1% от общего числа жителей составляют все другие религиозные группы, включая христиан разных направлений, атеистов и т.д. Административный центр Шалкарского района находится в удалении от областного центра, в Юго-Восточной части Актюбинской области на расстоянии почти 400 км от г. Актобе.
Религиозную обстановку в этом районе можно охарактеризовать как нестабильную. Время от времени в Юго-Восточной части области фиксируются экстремистские проявления. Так, в октябре 2011 годав Актобе состоялся громкий судебный процесс. Четверых актюбинцев, входивших в банду экстремистов, признали виновными в убийстве полицейских, создании преступной группы и незаконном хранении оружия. Двоих преступников приговорили к пожизненному сроку, еще двое проведут за решеткой 6 и 14 лет.
Процесс был объявлен закрытым и проходил прямо в следственном изоляторе. Все это время возле СИЗО дежурили усиленные отряды спецназа, а на крыше здания выставили пост снайпера. Самому старшему террористу 27 лет, младшему – 22 года. Все четверо входили в экстремистскую группу. В начале июля банда устроила настоящую бойню в небольшом селе Шубарши Актюбинской области. Сначала они расстреляли патрульную машину, при этом погибли двое полицейских. А через несколько дней при попытке задержать бандитов погиб еще один спецназовец. На 11-й день поисков преступников обнаружили на окраине села Кенкияк в заброшенном сарае. В момент задержания террористы оказали полицейским ожесточенное вооруженное сопротивление. В итоге девять бандитов были уничтожены. (по данным интернет источников http://www.ktk.kz).
В настоящее время в небольшом городе Шалкаре находится три мечети суннитского направления. Практически все население исповедует ислам.
Следует отметить, что попытки православных христиан установить свои атрибуты в Шалкарском районе, т.е. в районе неспокойном в религиозном плане, может быть воспринято приверженцами экстремизма как экспансия, что, соответственно, в лучшем случае может вызвать всплеск их недовольства.
Кроме того, данный район Актюбинской области расположен в Приаралье и в соответствии с п.2 ст. 3 Закона РК «О зонах экологического бедствия» относится к зоне экологической катастрофы. Граждане, место жительство которых зарегистрировано в этом районе, пользуются значительными мерами социальной поддержки, установленными указанным Законом. Из-за этого многие официальные данные, касающиеся численности русскоязычного населения завышены, численность неказахского населения в 1%, вероятно, не соответствует действительности, поскольку данные зарегистрированных в Шалкаре граждан и данные фактически в нем проживающих существенно разнятся.
